طبق ماده ۹۵ قانون مالیات‌های مستقیم، صاحبان مشاغل مكلفند اسناد و مدارك مثبته كافی را برای تشخیص سود مشمول مالیات نگهداری کنند و همچنین آن دسته از صاحبان مشاغلی که به‌موجب قانون مکلف به ثبت فعالیت‌های شغلی خود در دفاتر روزنامه و کل موضوع قانون تجارت هستند، باید دفاتر و اسناد و مدارک مربوط را با رعایت اصول و موازین و استانداردهای پذیرفته‌شده حسابداری نگهداری كنند.
طبق قانون مالیات‌های مستقیم صورت‌های مالی بایستی براساس استانداردهای پذیرفته‌شده حسابداری که ضوابط شناسایی و اندازه‌گیری را مشخص می‌کند، تهیه و تنظیم شوند. از طرف دیگر به دلیل استخراج اطلاعات مالی عناصر حسابداری مبنای محاسبه، مالیات، از دفاتر قانونی و صورت‌های مالی تدوین‌شده طبق استانداردهای حسابداری، مؤدیان مالیاتی انتظار دارند که سود حسابداری محاسبه‌شده با درآمد مشمول مالیات مطابقت داشته باشد. اما به دلایلی، سود حسابداری ابرازی توسط مؤدی مالیاتی با درآمد مشمول مالیات تشخیص شده توسط سازمان مالیاتی مغایرت دارد. این مغایرت ممکن است دوطرفه باشد یعنی با تعدیلات انجام شده گاهی سود مشمول بیش از سود حسابداری و گاهی سود مشمول مالیات کمتر از سود حسابداری باشد. به همین دلیل مؤدیان یا حسابداران و ماموران مالیاتی از سال‌ها قبل هم‌عقیده شده‌اند که قوانین مالیاتی با استانداردهای حسابداری هماهنگ نیستند.
- رويدادهاي تعديلي بعد از تاريخ ترازنامه
بر اساس استانداردهاي حسابداري با وقوع يک رويداد مهم بعد از تاريخ ترازنامه، تعديلاتي بايد صورت گيرد که اين مهم در مقررات مالياتي در نظر گرفته نشده است.
- سود و زيان تحقق نيافته حاصل از ارزيابي سرمايه‌گذاري‌ها
در استانداردهاي حسابداري معاملات به دو گروه سريع‌المعامله و بلند‌مدت طبقه‌بندي مي‌شوند. سود و زيان تحقق‌نيافته حاصل از ارزيابي سرمايه‌گذاري‌هاي معاملاتي در پايان سال به حساب سود و زيان دوره منظور مي‌شود، اما زيان تحقق‌نيافته حاصل از سرمايه‌گذاري‌هاي بلند‌مدت هر‌ساله به حساب سود و زيان دوره منظور شده ولي سود تحقق‌نيافته به حساب صاحبان سهام منتقل مي‌شود و به حساب سود و زيان سال مورد رسيدگي منظور نمي‌شود، اين در حالي است که مقررات مالياتي زيان تحقق‌نيافته حاصل از ارزيابي سرمايه‌گذاري‌ها در پايان سال را هزينه قابل قبول نمي‌داند و قبول زيان به عنوان هزينه قابل قبول و مشمول ماليات نبود سود به علت انتقال آن به حساب حقوق صاحبان سهام دور از منطق مالياتي است.
- تحقق و زمان شناخت درآمدهاي عملياتي
استانداردهاي حسابداري شرايطي را براي شناسايي درآمد در نظر دارند که بحث در مورد آن به کرات صورت گرفته، ولي طبق منطق مالياتي فروش يا درآمد به محض انجام معامله بايد در دفاتر ثبت و در صورت عدم وصول وجه درآمد يا کالاي فروش رفته برابر بند ۲۳ ماده ۱۴۸ جزء هزينه‌هاي قابل قبول است.
- ذخيره بدهي‌ها
طبق استاندارد شماره ۴ حسابداري پيش‌آمدهاي احتمالي(ممکن) بايد در تاريخ ترازنامه مدنظر قرار گرفته و آثار مالي آن برآورد و ذخيره در حساب‌ها در نظر گرفته شود که در اين‌باره در فصل هزينه‌هاي قابل قبول در مقررات مالياتي پيش‌بيني صورت نگرفته است و قابل قبول نيست.
- زيان قابل پيش‌بيني قراردادهاي بلند‌مدت
مطابق بیانیه شماره ۹ استانداردهای حسابداری هرگاه ماحصل یک پیمان بلند‌مدت را نتوان به‌گونه‌ای قابل اتکا بیان کرد :
الف) درآمد تنها باید معادل مخارج متحمل‌شده‌ای که احتمال بازیافت آن وجود دارد، شناسایی شود .
ب ) مخارج پیمان را باید در دوره وقوع به عنوان هزینه‌های دوره شناسایی کرد .
ج ) زیان قابل پیش‌بینی پیمان باید فورا در همان دوره شناسایی شود. موارد فوق نیز با مقررات مالیاتی مطابقت ندارد؛ زیرا در صورتی‌که پیمانکار خارجی باشد، بدون توجه به سود و زیان حاصل از عملیات پیمانکاری مطابق بند الف ماده ۱۰۷ قانون مالیات‌های مستقیم ۱۲درصد کل وجوه ناخالص دریافتی در سال بابت عملیات پیمانکاری درآمد مشمول مالیات است و در مورد پیمانکاران داخلی در صورت قبول دفاتر آنها بر اساس سود و زیان تحقق یافته (درصد پیشرفت کار) و در صورت عدم قبول دفاتر آنها مطابق ضریب موجود در دفترچه ضرایب مالیاتی درآمد مشمول مالیات تعیین می‌شود و زیان قابل پیش‌بینی نیز قابل قبول نیست.
- معاوضه دارايي با دارايی
طبق ق. م. م در خصوص معاوضه دارايي با دارايي در مورد املاک، ماليات نقل و انتقال از طرف وصول مي‌شود و در خصوص معاوضه طرفي که منتفع‌شده نسبت به مازاد مشمول ماليات است.
- استهلاک دارايي‌هاي نامشهود
طبق ق. م. م در خصوص دارايي‌هاي نامشهود به دليل عدم رؤيت دارايي و با توجه به اينکه دارايي به صورت حق بوده و عمري براي آن نمي‌توان در نظر گرفت، هزينه استهلاک براي آن پيش‌بيني نشده است.
- ماليات اقلام غيرمترقبه(تفاوت در افشا)
در استانداردهاي حسابداري سود و زيان حاصل از رويدادهاي غيرمترقبه بايد جدا از سود و زيان عملياتي و غير‌مستمر نشان داده شود و ماليات هر بخش نيز جداگانه محاسبه شود، اما اين تفکيک در مقررات مالياتي وجود ندارد.
- تسعير دارايي‌ها و بدهي‌هاي ارزي
زيان حاصل از تسعير ارز به شرط اتخاد يک روش يکنواخت طي سال‌هاي مختلف از طرف مؤدي به عنوان هزينه و طبعا سود ناشي از تسعير بدهي‌ها و دارايي‌ها نيز به عنوان درآمد و مشمول ماليات است، (اگر رویه یکنواخت نباشد زیان تسعیر ارز هزینه غیر قابل قبول است.) بر طبق ماده ۱۳۶ قانون محاسبات عمومي سود و زيان حاصل از تسعير دارایي‌ها و بدهي‌هاي ارزي شرکت‌هاي دولتي بايد در حساب ذخيره تسعير بدهي‌ها و دارايي‌هاي ارزي منظور شود.
- تجديد ارزيابي دارايي‌ها
از ديدگاه استاندارد حسابداري افزايش مبلغ دفتري دارايي‌ها در نتيجه تجديد ارزيابي بايد تحت عنوان مازاد تجديد ارزيابي و به عنوان بخشي از حقوق صاحبان سهام طبقه‌بندي شود و در صورت سود و زيان جامع انعکاس يابد و کاهش آن نيز به عنوان هزينه ثبت شود. اما براساس مقررات مالياتي، افزايش بهاي دارايي ناشي از تجديد ارزيابي دارايي‌ها مشمول ماليات و برابر تبصره ۱۰ جدول استهلاک ماده ۱۵۱ قابل استهلاک نخواهد بود. کاهش ارزش دارايي‌ها ناشي از … در فصل هزينه‌هاي قابل قبول پيش‌بيني نشده است.
- هزينه‌هاي تاسيس(تنها اختلاف در خصوص سنوات مستهلک کردن دارايي)
بر طبق مقررات مالياتي هزينه‌هاي تاسيس و هزينه‌هاي زائد بر درآمد دوره قبل از بهره‌برداري از تاريخ بهره‌برداري به مدت ۱۰ سال به طور مساوي قابل استهلاک است در حالي که طبق استاندارد موسسه مي‌تواند در همان سال اول بهره‌برداري کل هزينه تاسيس را به حساب سود و زيان منظور کند.