یکی از موضوعات بسیار مهم رسیدگی به دفاتر مالیاتی شرکت‌های استارتاپی است. با توجه به این موضوع رفتار پرسنل ادارات امور مالیاتی کشور گاهی بسیار عجیب و شگفت‌انگیز است. غالباً آنها با دید وصول مالیات با موضوع رفتار می‌کنند. یک از مفروضات در حسابداری وجود فرضی به نام فرض تداوم فعالیت است. در حسابداری فرض بر این است که یک واحد اقتصادی برای یک مدت طولانی و قابل پیش‌بینی به فعالیت خود ادامه می‌دهد. بر اساس این فرض ادارات امور مالیاتی حتی زیان‌های ناشی از فعالیت اولین سال شرکت را نیز قبول ندارند زیرا شرکت باید از اولین روز با نقشه راه درستی حرکت کند و زیان‌دهی شرکت به ندرت قابل قبول است. از این‌رو مدل استارتاپی‌ها با توجه به شرایط بازار و عموماً زیان پنج‌سال اول فعالیت آنها، با روش‌های حسابداری و سیاست‌های سازمان امور مالیاتی مغایرت دارد. از نظر مالیاتی زمانی که یک شرکت زیان می‌دهد راحت‌ترین و بی‌دردسرترین و البته منصفانه‌ترین کار ممکن عدم قبول دفاتر حسابداری استارتاپ‌هاست و مالیات آنها نیز از طریق ضرایب موجود یا افزایش درآمدهای مربوطه محاسبه می‌شود. این به دلیل فرض تداوم فعالیت است و ادارات امور مالیاتی که نیز خود محق دریافت و وصول مالیات از شرکت‌ها هستند، با فرض اینکه شرکت‌های استارتاپی آن هم با زیان‌های بسیار بالا در سال‌های آغازین فعالیت خود، قطعاً نمی‌توانند تداوم فعالیت داشته باشند، بهترین موضوع دریافت مالیات از شرکت‌هایی است که وجود فعالیت آنها در سال‌های آینده در هاله‌ای از ابهام است. با توجه به مطالب ذکرشده باید با استفاده از روش‌های حسابداری مالی و مالیاتی نسبت به تهیه درست گزارش‌های مالی و مالیاتی اقدام کرد.
اینکه چگونه و با استفاده از کدام روش‌های حسابداری و مالیاتی می‌توان به این موضوع دست یافت خود نیز به صورت جداگانه قابل بحث و بررسی است ولیکن با استفاده از یک سیستم گزارش‌دهی بسیار دقیق و مناسب جهت فعالیت‌های انجام‌شده در سیستم مالی و حسابداری یک شرکت استارتاپ و با طراحی سیستمی ساده جهت نتیجه‌گیری آسان‌تر رسیدگی‌کنندگان مالیاتی می‌توان تا میزان قابل توجهی مانع از وضع مالیات‌های کلان شد و بدین سبب نیز هزینه‌های استخدام حسابداران و مشاوران مالی و مالیاتی اتفاق می‌افتد که خود برای شرکت‌های استارتاپی تازه‌تاسیس دغدغه جدیدی به وجود می‌آورد که در اینجا تئوری فزونی منافع بر مخارج را باید در نظر گیرند.
به عنوان مثال یک شرکت استارتاپی نوپا که نمی‌تواند هزینه‌های یک نفر پرسنل را در ماه تحمل کند، قطعاً تحمل هزینه‌های حسابداری نیز برایش سخت است و دست آخر شاید مالیات وضع‌شده از حق‌الزحمه‌های پرداخت‌شده کمتر شود؛ یعنی مخارج شرکت بیش از منافع آن واحد کار می‌شود.
با توجه به رفتار سازمان امور مالیاتی کشور، شرکت‌ها و فعالان استارتاپی نیز می‌توانند فعالیت‌هایی شامل بحث و گفت‌وگو با مسئولان ذی‌ربط، تهیه و تدوین روش‌های حسابداری و مذاکره جهت دریافت‌های معافیت‌های مالیاتی برای شرکت‌های استارتاپی به خصوص استارتاپ‌های تازه‌تاسیس و هر گونه اقدام لازم دیگری که می‌تواند گره‌ای از مشکلات شرکت‌های مربوطه این بازار را باز کند، داشته باشند.
