در قانون حمایت‌هایی از فعالیت شرکت‌های نوآوری که بتوانند در زمره شرکت‌های دانش‌بنیان قرار گیرند، در نظر گرفته شده است. از این رو استارتاپ‌هایی که بتوانند دانش‌بنیان شوند نیز از معافیت‌های مالیاتی برخوردار خواهند شد.
بر مبنای قانون حمایت از شرکت‌های دانش‌بنیان و ماده 20 آیین‌نامه اجرایی آن، درآمدهای شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان ناشی از قرارداد و فعالیت‌های تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و تولید محصولات و خدمات دانش‌بنیان به مدت 15 سال از مالیات موضوع ماده 105 قانون مالیات‌های مستقیم معاف است.
فرایند اجرای معافیت‌های مالیاتی شرکت‌های دانش‌بنیان به نحوی تدوین شده که به منظور جلوگیری از اعمال سلیقه از سوی ممیزان مالیاتی و شرکت‌های متقاضی، مصادیق فعالیت‌های شرکت‌های دانش‌بنیان از سوی کارگروه ارزیابی شرکت‌های دانش‌بنیان به سازمان امور مالیاتی ارسال شود و مبنای عمل قرار گیرد. شرکت‌های متقاضی باید برای هر کدام از تولیدات خود، قیمت تمام‌شده و میزان فروش و هزینه‌ها را در دفاتر حسابداری خود به صورت جداگانه تنظیم کنند و در زمان مراجعه ممیزان مالیاتی ارائه دهند.
